Im Bestand des geplanten Linzer Museums befanden sich Kunstwerke aus geraubten Sammlungen österreichischer Juden, aus enteigneten Klöstern sowie auch Kunstgut, das in den besetzten Gebieten mittels eigener „Kunstrauborganisationen“, wie dem „Einsatzstab Rosenberg“, akquiriert wurde.

Der Sonderauftrag Linz verfügte aber auch – bis in die letzten Kriegstage – über unbegrenzte finanzielle Ressourcen und kaufte zu unüberbietbaren Preisen am öffentlichen Kunstmarkt. Die Unterscheidung zwischen „legalem“ und „nicht-legalem“ Erwerb ist nicht immer leicht nachvollziehbar: So konnte enteignete Kunst über Auktionshäuser und Kunsthändler weiterverkauft werden und am Ende als „legale Erwerbung“ beim „Sonderauftrag Linz“ landen. Es ist somit fast unmöglich, genaue Angaben darüber zu machen, wie hoch der „Raubkunstanteil“ des Linzer Bestandes war. Unzählige Einzelschicksale von Kunstwerken und ihrer verfolgten Besitzer machen diese Frage aber auch obsolet.