Trotz der Maßnahmen der Katholischen Reform in Oberösterreich konnten die Evangelischen – wenngleich unter erschwerten Bedingungen – ihren Glauben praktizieren. Doch die Gegensätze zwischen Katholiken und Evangelischen wurden immer schärfer. 1619 wurde mit Ferdinand II. schließlich ein überzeugter Anhänger der Gegenreformation Kaiser.

Ein Jahr später kam es am Weißen Berg bei Prag zu einem Kampf zwischen den lutherischen Adeligen aus Böhmen, die von den evangelischen Adeligen aus Oberösterreich unterstützt wurden (Protestantische Union), und den katholischen Truppen von Kaiser Ferdinand, die von den Bayern Unterstützung erfuhren (Katholische Liga). Der unmittelbare Anlass für diese Schlacht war, dass Ferdinand II. 1617 auch König von Böhmen geworden war, was die evangelischen Mitglieder des böhmischen Adels nicht akzeptieren wollten. Die Protestantische Union verlor die Schlacht.

Als Dank für ihre Unterstützung erhielten die Bayern von Kaiser Ferdinand das Land ob der Enns (Oberösterreich) als Pfand. Ab 1620 kamen daher zahlreiche bayerische Soldaten, Beamte und katholische Priester aus Bayern in unser Gebiet und die Gegenreformation wurde in Oberösterreich mit aller Härte durchgesetzt. In der Folge kam es in hier auch zum Bauernkrieg des Jahres 1626.

1624 erließ Kaiser Ferdinand II. schließlich das so genannte Reformationspatent: Die evangelischen Schulen wurden schlossen, alle evangelischen Prediger und Lehrer wurden innerhalb von acht Tagen aus dem Land gewiesen. Die übrige Bevölkerung musste sich binnen sechs Monaten entscheiden, ob sie evangelisch bleiben oder katholisch werden wollten. Blieben sie evangelisch, mussten sie das Land verlassen. Geschätzt wird, dass im Zuge der Gegenreformation rund 100.000 Menschen Österreich verließen. Unter ihnen war ein überaus bedeutender Wissenschaftler, der mehr als zehn Jahre in Linz gelebt hatte: Johannes Kepler.

Manche lebten ihren Glauben aber ihm Geheimen weiter (Geheimprotestantismus). Sie versammelten sich in der Nacht zum Gottesdienst; ihre Gebetbücher versteckten sie in Nischen, Doppelwänden und -böden oder in hohlen Bäumen.
Reformationskommissäre, welche die Menschen mit Druck wieder zur katholischen Religion zurückführen wollten, waren daher auch noch Mitte des 17. Jahrhunderts tätig. Ein besonders gefürchteter war Graf Joachim Enzmilner (Enzmillner), der sich in Windhaag bei Perg ein prächtiges Schloss mit einer umfangreichen Bibliothek erbauen ließ.