Ottokar II. und Rudolf I.

Nach dem Aussterben der Babenberger in der männlichen Linie entbrannte ein jahrelanger Streit um deren Erbe. Besonders Herzog Otto von Bayern und Ottokar II. Přemysl von Böhmen versuchten, Österreich an sich zu reißen. Ottokar rückte in Österreich ein und wurde vom Adel freundlich empfangen, denn man hoffte unter seiner Herrschaft auf friedlichere Zeiten.
Um seine Machtstellung absichern zu können, heiratete Ottokar die fast doppelt so alte Babenbergerin Margarete. Nun stieg allerdings in Bayern, Polen und Ungarn die Angst, Ottokar würde ein neues Großreich errichten, da er in der Zwischenzeit auch König von Böhmen geworden war. So kam es u. a. zu Kämpfen mit den Ungarn unter König Béla IV. Ottokar konnte diese aber besiegen und heiratete in der Folge sogar Kunigunde, die Enkelin des ungarischen Königs. Zuvor stimmte der Papst der Scheidung von der Babenbergerin Margarete zu.
Schließlich erhielt Ottokar noch die Steiermark und bekam durch einen Erbvertrag mit dem kinderlosen Herzog Ulrich von Kärnten und Krain (Slowenien) auch dessen Machtbereich übertragen. Ottokars Reich war nun schon sehr groß geworden.

1273 wurde allerdings nicht der mächtige Ottokar, sondern der eher unbedeutende Habsburger Rudolf I. zum König des Heiligen Römischen Reiches gewählt. Dies führte zu Spannungen mit dem Böhmenkönig Ottokar. Rudolf sprach diesem das Recht ab, weiter über Österreich zu herrschen, doch Ottokar weigerte sich, die ehemaligen Babenbergerländer an Rudolf abzutreten. Nach und nach kehrten sich – auch in Oberösterreich – viele Anhänger Ottokars von diesem ab und liefen zu Rudolf über. Schließlich konnte König Rudolf Ottokar aus Ober- und Niederösterreich verdrängen. In einer Schlacht gegen die Truppen Rudolfs bei Dürnkurt (Marchfeld) fiel der Böhmenkönig Ottokar im Jahr 1278.

Der Habsburger Rudolf I. vergab die nun freigewordenen Länder an seine Söhne Rudolf II. und Albrecht I., der den Salzabbau im Salzkammergut besonders förderte. Somit fielen auch weite Teile des heutigen Oberösterreich an die Habsburger. Nun begann in Österreich die Herrschaft der Habsburger, die bis 1918 dauern sollte.

Als Vertraute Rudolfs I. kamen die Herren von Wallsee nach Oberösterreich. Eberhard IV. von Wallsee wurde 1288 Landrichter und residierte in der Linzer Burg. In der Folge wurde der Landrichter dann als Landeshauptmann bezeichnet, zum ersten Mal in einer Urkunde aus dem Jahre 1332. Die Wallseer erhielten fast 200 Jahre hindurch das Amt des Landeshauptmanns übertragen und wurden zu einem mächtigen Geschlecht in Oberösterreich. In dieser Zeit entwickelte sich Linz zu einer wichtigen Stadt im Land und wurde zu einer Art Hauptstadt sowie einem wichtigen Handelsplatz.

Neben den Wallseern waren die Schaunberger das mächtigste Adelsgeschlecht in Oberösterreich. Sie nannten sich nach ihrem Herrschaftsmittelpunkt, der Schaunburg bei Eferding.